Zachowują się inaczej: jedna z kopii jest wyłączana, przy czym, zależnie od genu, jest to zawsze kopia matczyna albo zawsze kopia ojcowska. Geny te w większości kodują czynniki sterujące rozwojem zarodka, a aktywność jednej i tylko jednej kopii zapewnia właściwy poziom sygnału regulacyjnego. Skąd zarodek wie, która kopia ma być wyłączona? Jest ona oznaczana piętnowana przez chemiczne modyfikacje w obrębie genu jeszcze podczas wytwarzania gamet. Zestaw genów piętnowany w jajach tzw. piętno matczyne jest inny niż w plemnikach piętno ojcowskie. Dlatego prawidłową kombinację aktywnych kopii genów zapewnia tylko połączenie plemnika i jaja. Połączenie dwóch jaj daje całkowity brak aktywności genów z piętnem matczynym i podwójną aktywność genów piętnowanych ojcowsko, a główną tego konsekwencją jest zaburzenie rozwoju trofoblastu tkanki.